Dit is een site voor studenten van de Open Universiteit. Voordat je een vraag kunt stellen moet je even een account aanmaken (dit systeem is niet gekoppeld aan je OU studentnummer en wachtwoord).

Welkom bij het vraag- en antwoord systeem van de onderzoeks-practica van de studie psychologie bij de Open Universiteit.

Houd er, als je een vraag stelt, rekening mee dat je de richtlijnen volgt!

Hoe kan ik met ANOVA een type III test doen

0 leuk 0 niet-leuks

Hoe kan ik een ANOVA type III test doen?

Ik kom er niet uit dit is wat ik wel krijg:

Boek Andy Field R output:

Anova Table (Type III tests)

Response: attractiveness

               Sum Sq Df  F value    Pr(>F)   

(Intercept)    163333  1 1967.025 < 2.2e-16 ***

alcohol           169  1   2.0323    0.1614 ***

gender           3332  2  20.0654 7.649e-07 ***

alcohol:gender   1978  2  11.9113 7.987e-05 ***

Residuals        3487 42                      

---

Signif. codes: 

0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1          

Mijn output:

> Anova(datModel, type="IH");

Error in match.arg(type) : 'arg' should be one of “II”, “III”, “2”, “3”

> Anova(datModel, type="III");

Anova Table (Type III tests)

Response: attractiveness

               Sum Sq Df  F value    Pr(>F)   

(Intercept)    163333  1 1967.025 < 2.2e-16 ***

alcohol          2082  2   12.539 5.373e-05 ***

gender           1200  1   14.452 0.0004587 ***

alcohol:gender   2197  2   13.229 3.503e-05 ***

Residuals        3487 42                      

---

Signif. codes: 

0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1          

> Anova((datModel, type="IH");

Error: unexpected ',' in "Anova((datModel,"

> Anova(datModel, type="IH");

Error in match.arg(type) : 'arg' should be one of “II”, “III”, “2”, “3”

> Anova(datModel, type="III");

Anova Table (Type III tests)

Response: attractiveness

               Sum Sq Df  F value    Pr(>F)   

(Intercept)    163333  1 1967.025 < 2.2e-16 ***

alcohol          2082  2   12.539 5.373e-05 ***

gender           1200  1   14.452 0.0004587 ***

alcohol:gender   2197  2   13.229 3.503e-05 ***

Residuals        3487 42                      

---

Signif. codes: 

0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

> Anova((datModel, type="IH");

Error: unexpected ',' in "Anova((datModel,"

> Anova(datModel, type="I");

Error in match.arg(type) : 'arg' should be one of “II”, “III”, “2”, “3”

> Anova(datModel, type="one");

Error in match.arg(type) : 'arg' should be one of “II”, “III”, “2”, “3”

> Anova(datModel, type="II");

Anova Table (Type II tests)

Response: attractiveness

               Sum Sq Df F value    Pr(>F)   

alcohol        2082.3  2  12.539 5.373e-05 ***

gender         1200.0  1  14.452 0.0004587 ***

alcohol:gender 2196.9  2  13.229 3.503e-05 ***

Residuals      3487.5 42                     

---

Signif. codes: 

0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

> Anova(datModel);

Anova Table (Type II tests)

Response: attractiveness

               Sum Sq Df F value    Pr(>F)   

alcohol        2082.3  2  12.539 5.373e-05 ***

gender         1200.0  1  14.452 0.0004587 ***

alcohol:gender 2196.9  2  13.229 3.503e-05 ***

Residuals      3487.5 42                     

---

Signif. codes: 

0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

 

gevraagd 23 mei 2017 in Experimenteel Onderzoek (PB0402 en S05281) door TiffanyOW (470 punten)

In theorie zou de syntax moeten werken; met de volgende syntax merk ik in ieder geval geen problemen in het commando zelf: 

x1 <- sample(1:2, 20, replace=T)
x2 <- sample(1:3, 20, replace=T)
y <- x1+x2+x1*x2+rnorm(20,1,2)

require(car)
res <- lm(y~x1*x2)
Anova(res, type="3")

Aliased coefficients lijkt een situatie te zijn van perfecte multicollineariteit. Wat is het model dat je hebt gefit? (dus hoe is object sportcasusModel tot stand gekomen?)

Je zou ook het package afex kunnen proberen, daar heb ik in de cursus EO wel succes mee gehad.

als aliased coefficients het enige probleem zijn dan zou de oplossing binnen Anova() ook nog kunnen zijn om 'singular.ok=TRUE' toe te voegen, dus een commando zoals:

Anova(sportcasusModel, type="3", singular.ok=TRUE)

Hallo Ron,

Je hebt nu een paar tips gegeven die ik even ga proberen. Ik laat wel even weten of het gelukt is en dan ga ik door met de volgende vragen.

Bedankt!

Tiffany

Aliased coefficients lijkt een situatie te zijn van perfecte multicollineariteit. Wat is het model dat je hebt gefit? (dus hoe is object sportcasusModel tot stand gekomen?)

>

Ik heb mijn sportcasusModel opgebouwd met:

factor<-gl (...) voor de variabelen voorlichting en leeftijd en een 

Numeric variabele gecreëerd voor de variabele sportscore.

En dan heb ik het in een data.frame geplaatst. 

Ik hoop dat dit goed antwoordt geeft op je vraag.

Groet Tiffany

1 Antwoord

0 leuk 0 niet-leuks

Om type-III errors te krijgen bij het uitvoeren van een anova in R is de Anova() functie nodig uit de 'cars' package, wat anders is dan de anova() (zonder hoofdletter) uit de base-packages. De Anova() functie staat het toe om als optie 'type= '3' toe te voegen.

Mocht dit problemen opleveren dan heeft dit vaak een van volgende oorzaken:

Missing values; R houd niet van missing values, en vaak moet handmatig (bijvoorbeeld door de missings te verwijderen met een na.omit() handeling.

Perfecte multicolineariteit (twee onafhankelijke variabelen zijn identiek, of nagenoeg identiek): controleer of de onafhankelijke variabelen niet abusievelijk gecopy-paste zijn. 

beantwoord 29 mei 2017 door Ron Pat-El (40,900 punten)
...