Een cross-over effect is de naam voor de invloed van een manipulatie op een andere variabele dan de variabele die het doelwit van de manipulatie is. Stel je voor dat je een 2X2 design hebt, met twee manipulaties met elk twee niveau's dus. Laten we bijvoorbeeld stress manipuleren (laag en hoog), en humeur (negatief en positief). Als we onze manipulaties dan uitvoeren, en we meten vervolgens of die zijn gelukt (door ervaren stress en humeur te meten), dan kunnen we ook kijken of er cross-over effecten zijn: of de stress-manipulatie een effect heeft op humeur, en/of de humeur-manipulatie een effect of stress. Als dergelijke cross-over effecten bestaan, is de interne validiteit van ons onderzoek gesaboteerd, en kunnen we de causale conclusies die we anders hadden kunnen trekken, niet langer trekken. Een toets op cross-over effecten is dus een simpele toets op een bivariaat verband tussen de manipulatie enerzijds en een manipulatiecheck waar die manipulatie geen effect op zou moeten hebben anderzijds.