Je verwarring zit hem er waarchijnlijk in omdat je de volgorde verkeerd in je hoofd hebt: je start niet per se met factor-analyse (meestal niet, zelfs).
Je start meestal met item-analyse (dus voordat je de factor-analyse uitvoert). Tijdens de item-analyse verifieer je of de items valide zijn toegepast in de steekproef. Je kunt hierbij ook gebruik maken van interne consistentiematen, zodat je bijvoorbeeld in je overwegingen mee kunt nemen hoe sterk een item samenhangt met de andere items. In dat stadium kan het zijn dat als je constateert dat een item bijvoorbeeld verkeerd wordt begrepen, je dat item verder niet kunt gebruiken.
Vervolgens kun je de validiteit van het meetinstrument als geheel verifieren. Daarvoor kun je factor-analyse gebruiken, en je kunt ook weer naar interne consistentie kijken (waar je tijdens de item-analyse vaak ook al naar kijkt, maar nu voor de schaal of schalen waar je uiteindelijk mee gaat werken).