Uitstekende vraag! Jammer genoeg niet met een uitstekend antwoord :-)
Variantie is gemiddelde variatie. MS is gemiddelde SS (Mean Sum of Squares tenslotte; SS is alleen de Sum of Squares, of voluit, de Sum of Squared deviations from the mean).
Maar - mensen noemen variatie vaak ook variantie. SS is dan ruwe variantie, en MS is dan gemiddelde variantie.
Zoals je zult zien of misschien al hebt gezien kun je de MSen niet bij elkaar optellen om op de totale MS te komen. R^2 is dus eigenlijk alleen 'proportie verklaarde SS' oftewel variantie, maar de termen worden jammer genoeg nog door elkaar gebruikt . . .
Sorry dat ik geen beter antwoord heb. Een troost: 'proportie verklaarde' gaat dus altijd over SS, hoe het ook wordt genoemd :-)