Het is vooral een kwestie van het conceptuele onderscheid helder hebben.
Een doelstelling betreft het uiteindelijke nut van je onderzoek. Waarom is het de moeite om geld en tijd in je studie te steken? Hoe wordt de wereld iets beter als we leren wat we door je onderzoek gaan leren? Dit is dus altijd een (mogelijk) gevolg van beantwoording van je onderzoeksvraag of onderzoeksvragen.
Een onderzoeksvraag betreft (bijna) altijd een verband tussen twee of meer variabelen. Hij heeft dus altijd de vorm "hangt A samen met B?" (of, dus, "hangt B samen met A?"), of, voor een experiment, "heeft A een effect op B?" ("beinvloedt A B?"). Hij kan complexer worden voor moderatie en mediatie designs (maar daar heb je altijd een experiment met bovendien meerdere meetmomenten voor nodig, zie dit heldere artikeltje van Robert Roe, dus dat soort studies voer je zelf relatief zelden uit): dan wordt het bijvoorbeeld "is het effect van A op B afhankelijk van het niveau van C?" voor moderatie of "loopt het effect van A op B via C?".
De onderzoeksvraag, of vragen, staat, of staan, 1-op-1 in verhouding tot je conceptuele model. Elk pijltje in je conceptuele model is een onderzoeksvraag.
De onderzoeksvraag is de centrale vraag in je onderzoek: elke onderzoeksvraag wordt beantwoord met informatie over hoe sterk dat verband is (het liefst met een betrouwbaarheidsinterval rondom de betreffende effect size). Deze informatie wordt dan uiteindelijk in meta-analyses gebruikt, waardoor een beeld ontstaat van hoe de realiteit in elkaar zit (een enkele studie levert zo weinig informatie, en is door onder andere multiple testing (aanzienlijke kans op type-1 fouten) dermate weinig betrouwbaar dat je heel erg moet oppassen met conclusies).
Een hypothese is niets meer dan een herformulering van een onderzoeksvraag in een stelling. Dit doe je als je op basis van logische, theoretische of empirische evidentie reden hebt om te verwachten dat een effect een bepaalde kant op gaat. Of je wel of geen hypothesen formuleert heeft geen invloed op je analyses, of op de conclusies die je kunt trekken. Je kunt het dus zien als een 'narrative device': door je onderzoeksvraag door middel van een hypothese al een richting te geven, wordt het voor je lezers wat duidelijker om te zien hoe je studie bij kan dragen aan je doelstelling.
[EDIT 2016-09-13: zie ook http://oupsy.nl/help/2461/interactie-hypothesis-onafhankelijke-variabelen-correleren]
