Dat is niet altijd 100% duidelijk en in sommige gevallen kan je de volgorde ook zelf kiezen.
In gevallen van leerlingen, klassen, scholen is de volgorde meteen duidelijk. Een leering zit namelijk maar in een enkele klas en een klas behoort tot een enkele school. In dit geval is er sprake van een natuurlijke groepering. Volgens mij kan je hier geen andere interpretatie hebben.
Maar in een onderzoek bij personen die gedurende een vaste week iedere dag zijn bevraagd via een dagelijkse vragenlijst is het lastiger. Je hebt 7 dagen en N personen. Even aangenomen dat er geen ontbrekende waarden zijn dan bevat elke dag N personen: dus je kan denken de personen (niveau 1) zijn genest binnen de dagen (niveau 2).
Maar evenzo kan je redeneren: elke persoon heeft data op 7 dagen dus dagen zijn genest binnen personen. Het hangt hier van je theorie af hoe je de niveau's indeelt: denk je dat een of andere effect gemeten tussen personen afhangt van de dag van de week of denk je dat een effect gemeten binnen een persoon over de week afhangt van de persoon.
Wellicht zijn er meer van dit soort voorbeelden te bedenken.