Wat bedoel je als je zegt "dat er eigenlijk 2 schalen zijn'? Want er zijn verschillende criteria om te kiezen hoeveel factoren je 'trekt'. De standaard in SPSS, het "Kaiser criterium", is een van de slechtere criteria. Het is belangrijk om de verschillende informatiebronnen te vergelijken; theorie is er een van. Factorladingen en eigenwaarde zijn andere bronnen, n et als de inhoud van de items.
Als je een bestaande schaal gebruikt, werkt die schaal in jouw populatie niet zoals bedoeld. In dat geval is je operationalisatie minder valide; misschien zelfs helemaal niet meer valide.
Als je een eigen schaal hebt ontwikkeld, is dit een aanwijzing dat je theorie over hoe de items zich tot elkaar verhouden niet klopt.
In beide gevallen geldt: bestudeer de items grondig, zowel de tekst van elk item, als de histogrammen van de items en de correlaties tussen alle items onderling. Vergelijk die informatie met je factorstructuren. Trek bovendien ook 1, 2, en 4 factoren, en kijk wat er dan gebeurt. Combineer al die informatie in je subjectieve eindoordeel, en zorg dat je je overwegingen en onderbouwingen goed documenteert voor je begeleider en/of andere wetenschappers in de toekomst.
Tot slot zou ik die besluiten en overwegingen bij je verslag/artikel voegen als 'supplemental materials'. Op die manier kunnen anderen makkelijk zien wat je precies hebt gedaan en waarom.