Ja. Een ANOVA is een redelijk flexibele techniek die zowel between subjects (factorieel), puur within subjects of herhaalde metingen (repeated) kan opnemen, en zelfs covariaten.
De naamgeving van de ANOVA past zich daarop aan. Een RM-ANOVA met een covariaat wordt dan een RM-ANCOVA. Worden daar between subject effecten aan toegevoegd dan wordt het een mixed-design ANCOVA, (alias factoriele herhaalde metingen ANCOVA).
Ongeacht in welke analyse een covariaat wordt toegevoegd, als deze werk moet doen als 'controlevariabele', dan gelden alle regels omtrent assumpties.