Het advies om Lavaan te gebruiken is zeer goed advies.
Er zijn ook een aantal gespecialiseerde paketten die niet gratis zijn:
MPlus (enkel syntax interface; zeer krachtig voor multilevel sems, zeer actieve forum-ondersteuning met reacties van de auteurs van het programma)
EQS (zowel grafische editor om modellen mee op te stellen en een uitgebreide syntax-editor. Makkelijk om complexe modellen in te speciferen en er zijn zeer goede boeken op de markt die leren werken met EQS. Multilevel analyses kunnen, maar beperkt. Helaas geen actieve ondersteuning meer)
Mocht je kiezen voor R (lavaan), maar een grafische editor missen, dan raad ik het gratis programma Onyx aan (http://onyx.brandmaier.de/). Je kunt in onyx een model tekenen en hiermee code generen die onder andere geschikt is voor lavaan.