Dit is een complex vraagstuk. Het simpele antwoord: als je randomisatie niet lukte, is je design niet valide. Dan kun je sowieso niet echt meer conclusies trekken.
Maar - randomisatie kan meestal niet echt mislukken. Als je bijvoorbeeld een computer gebruikt om deelnemers te randomiseren, dan slaagt de randomisatie altijd.
Je kunt natuurlijk door toeval een steekproef hebben waarin de groepen niet equivalent zijn na randomisatie. Dan is de randomisatie nog steeds gelukt: randomisatie garandeert equivalente groepen over oneindig veel steekproeven, maar garandeert dat niet voor een gegeven steekproef.
Je kunt de covariaat dan alsnog gewoon meenemen; je verwijdert dan alleen variantie die misschien ook wordt verklaard door je onafhankelijke variabele uit de afhankelijke variabele. Dat is niet noodzakelijk erg; het kan zelf de invaliditeit van je design misschien een beetje oplappen.
Zie overigens ook dit toegankelijke, inzichtelijke artikel over randomisatie.