Dit slaat op het algoritme dat wordt gebruikt om de parameters te schatten.
ML betekent Maximumm Likelihood en REML betekent Restricted Maximumm LIkelihood. Voor grote steekproeven geven beide methoden weinig verschil. Voor kleine steekproeven geeft REML zogenaamde unbiased schattingen van de covariantie parameters. Echter, om hierarchische modellen te vergelijken met de chi-kwadraat tabellen is het beter om ML te gebruiken.
Voor meer informatie, zie de specialistische statistische literatuur over dit onderwerp.