MS wordt enkel gebruikt in de context van de ANOVA, waar alle variantie op Y wordt onderverdeeld in verschillende soorten variantie (model en error). De variantie is voor de meesten op zichzelf een heldere term, want het verwijst naar een sum of squares gedeeld door N - 1. Omdat in het model er per groep een vrijheidsgraad afgetrokken moet worden zijn de df voor een modelvariantie N - het aantal groepen. Deze variatie maakt het lastig om snel te communiceren wat er op dat moment met variantie bedoeld wordt. Met MS is gelijk duidelijk dat er over de uitkomst van een ANOVA gesproken wordt, en dat nog gespecifeerd moet worden wat voor soort MS het is