Dag Ron, nogmaals bedankt. Zonder jou zou ik niet weten hoe ik verder kan met mijn masterthesis.
Ik heb 'vegan' geinstaleerd en geload, samen met een het pakket 'pacman'. Het schijnt dat 'pacman' vele aantal basis packages heeft die nodig zijn voor installatie van vele andere packages. Rtools wil niet geinstaleerd worden, maar het schijnt dat dit niet hoeft als ik de windows versie van R heb.
Ik kan nu anosim draaien.
Ik heb de volgende command geschrijven in Rstudio:
#open file
prompting_and_SSMR <- read_sav("master onderwijswetenschappen/statistics/prompting and SSMR.sav")
#load vegan
require(vegan)
#voer anosim uit
anosim(x= prompting_and_SSMR$PRproportion + prompting_and_SSMR$SGproportion, grouping = prompting_and_SSMR$group,permutations = 999, distance = "bray", strata = NULL, parallel = 1)
result <- anosim(x= prompting_and_SSMR$PRproportion + prompting_and_SSMR$SGproportion, grouping = prompting_and_SSMR$group,permutations = 999, distance = "bray", strata = NULL, parallel = 1)
summary(result)
plot(result)
Ik ben onzeker of ik de permutation, distance, strata en parallel goed heb. Ik kan nergens duidelijk informatie vinden hierover. Ik ben de uitleg van Andy Field gewend. De uitleg die R geeft, begrijp ik niet. Ook niet als ik wikipedia erbij raadpleeg of reseachgate.
Ik heb 4 groepen (genummerd 1 t/m 4 ) en 2 variabelen gemeten (PRpropotion en SGpropotion).
Ik krijg het volgende als output:
ANOSIM statistic R: 0.3143
Significance: 0.008
Permutation: free
Number of permutations: 999
Het lijkt dat er wel significant verschil is tussen de groepen, want R is positief en p is onder 0.05. Al heb ik nergens alpha ingesteld! Ik weet niet of dat standaard is in vegan.
onder summary krijg ik de volgende output:
ANOSIM statistic R: 0.3143
Significance: 0.005
Permutation: free
Number of permutations: 999
Upper quantiles of permutations (null model):
90% 95% 97.5% 99%
0.139 0.179 0.209 0.251
Dissimilarity ranks between and within classes:
0% 25% 50% 75% 100% N
Between 1 51.5 95.5 132.25 171 132
1 29 45.5 61.0 80.25 104 6
2 2 26.5 51.0 52.50 54 3
3 8 34.0 65.0 91.50 137 15
4 3 15.5 57.0 141.50 160 15
Hieruit begrijp ik dat de distance between the groups groter is dan de distances within the groups. Daarom is er significant verschil tussen de groepen.
Dit is ook zichtbaar op de plot, die kan ik helaas niet kopieren en plakken hier.
Verder zie ik dat p ineens anders is!!!
mijn vraag is : klopt deze analyse en interpretatie? en kan ik een soort step-down analyse doen in R, om te zien welke groep significant verschilt van de andere (zoals bij kruskal-Wallis analyse) ?
alvast bedankt, Sabrine